A Universidade UPAP tem 65 unidades espalhadas por todas as principais cidades do país. Dentre essas 08 sedes são exclusivas para o curso de medicina. E se destacam as seguintes:
Com a penas 1,5 km de distancia do Brasil. Essa é a sede mais desejadas de todos os novos alunos. Fica muito bem situada no centro de Ciudad del Este uma cidade Paraguaya que faz divisa com a cidade de Foz do Iguaçu no estado do Paraná, Brasil. Com capacidade para 2 mil alunos a sede conta com 07 andares e com todo o aparato para ajudar no inicio de seus estudos.
A sede do KM 10 é a mais completa unidade da UPAP em Ciudad del Este. Com apenas 10 km de distancia do brasil, abriga 4 mil alunos do curso de medicina e é onde a universidade conserva seus melhores e mais modernos laboratorios, junto com o hospital escola e a clinica comunitaria. Aqui são ministradas as aulas do 3º, 4º e 5º e 6º ano.
A sede do KM 04 é a mais nova unidade de ensino da universidade UPAP. Conta con toda a infraestrutura completa e com todos os laboratorios que alunos do 1º e 2º ano precisão para iniciar seus estudos de medicina